1. Jornada 08.08.2016 Stuttgart - FC St. Pauli 2:1 Gol
2. Jornada 13.08.2016 FC St. Pauli - Eintracht Braunschweig 0:2
3. Jornada 28.08.2016 Dynamo Dresden - FC St. Pauli 1:0
4. Jornada 10.09.2016 FC St. Pauli - Arminia Bielefeld 2:1 Gol
5. Jornada 18.09.2016 Karlsruher SC - FC St. Pauli 1:1 Gol
6. Jornada 22.09.2016 FC St. Pauli - TSV 1860 München 2:2
7. Jornada 26.09.2016 1. FC Union Berlin - FC St. Pauli 2:0
8. Jornada 01.10.2016 Hannover - FC St. Pauli 2:0
9. Jornada 14.10.2016 FC St. Pauli - Erzgebirge Aue 1:2
13. Jornada 20.11.2016 FC St. Pauli - Fortuna Düsseldorf 0:1 Tarjeta amarilla
14. Jornada 26.11.2016 1. FC Heidenheim 1846 - FC St. Pauli 2:0 Tarjeta amarilla
15. Jornada 02.12.2016 FC St. Pauli - 1. FC Kaiserslautern 0:0 Tarjeta amarilla
16. Jornada 11.12.2016 SpVgg Greuther Fürth - FC St. Pauli 0:2 Gol
17. Jornada 17.12.2016 FC St. Pauli - VfL Bochum 1:1 Gol
20. Jornada 12.02.2017 FC St. Pauli - Dynamo Dresden 2:0
21. Jornada 19.02.2017 Arminia Bielefeld - FC St. Pauli 1:1
22. Jornada 27.02.2017 FC St. Pauli - Karlsruher SC 5:0 GolGolGol
23. Jornada 04.03.2017 TSV 1860 München - FC St. Pauli 1:2 Gol Tarjeta amarilla
24. Jornada 10.03.2017 FC St. Pauli - 1. FC Union Berlin 1:2 Gol
25. Jornada 18.03.2017 FC St. Pauli - Hannover 0:0 Tarjeta amarilla
27. Jornada 04.04.2017 FC St. Pauli - SV Sandhausen 0:0 Tarjeta amarilla
28. Jornada 07.04.2017 1. FC Nürnberg - FC St. Pauli 0:2 GolGol
29. Jornada 16.04.2017 FC St. Pauli - Würzburger Kickers 1:0 Tarjeta amarilla
30. Jornada 21.04.2017 Fortuna Düsseldorf - FC St. Pauli 1:3 Gol
31. Jornada 28.04.2017 FC St. Pauli - 1. FC Heidenheim 1846 3:0 Gol
32. Jornada 05.05.2017 1. FC Kaiserslautern - FC St. Pauli 1:2 Gol
33. Jornada 14.05.2017 FC St. Pauli - SpVgg Greuther Fürth 1:1
34. Jornada 21.05.2017 VfL Bochum - FC St. Pauli 1:3