 |
 |
|
|
| 14.09.2016 | 16:30 | SK Zápy | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 (1:1) | |
| 20.09.2016 | 16:00 | Spartak Hulín | - | Bohemians Praha 1905 | 0:2 (0:1) | |
| 16:00 | FC Sellier & Bellot Vlašim | - | FC Hradec Králové | 0:1 (0:1) | ||
| 16:30 | FK Pardubice | - | Vysočina Jihlava | 1:3 (1:3) | ||
| 17:00 | Sigma Olomouc | - | FK MAS Táborsko | 1:2 (0:2) | ||
| 21.09.2016 | 16:00 | FK Litoměřice | - | Baník Ostrava | 2:1 (0:0) | |
| 16:30 | FC Hlučín | - | Viktoria Plzeň | 0:7 (0:2) | ||
| 16:30 | Velké Mezirící | - | FK Dukla Praha | 1:2 (0:0) | ||
| 17:00 | FK Ústí nad Labem | - | Zbrojovka Brno | 1:4 (1:1) | ||
| 27.09.2016 | 15:30 | MFK Karviná | - | 1. SK Prostějov | 2:0 (0:0, 0:0) pró. | |
| 28.09.2016 | 16:00 | MFK Chrudim | - | Slavia Praga | 1:3 (0:1) | |
| 05.10.2016 | 16:00 | FK Tachov | - | FC Fastav Zlín | 0:4 (0:2) | |
| 11.10.2016 | 16:00 | FK Králův Dvůr | - | FK Jablonec | 5:3 (1:1, 1:1, 1:1) pn. | |
| 18:00 | 1. FC Slovácko | - | SFC Opava | 3:4 (1:0, 2:2) pró. | ||
| 12.10.2016 | 16:00 | FC Písek | - | Slovan Liberec | 1:5 (1:4) | |
| 16:00 | Dynamo České Budějovice | - | Sparta Praga | 1:2 (0:0) |
