| 1. Jornada | 02.08.1998 | 1. FC Kaiserslautern II | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 30.08.1998 | SC Paderborn 07 | - | Alemannia Aachen | 2:0 |  |
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| 9. Jornada | 27.09.1998 | SC Paderborn 07 | - | SC Verl | 2:2 |  |
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| 10. Jornada | 04.10.1998 | SV 07 Elversberg | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 11. Jornada | 10.10.1998 | SC Paderborn 07 | - | Preußen Münster | 1:3 | ||||
| 15. Jornada | 08.11.1998 | SC Paderborn 07 | - | Eintracht Trier | 2:1 | ||||
| 14. Jornada | 21.11.1998 | LR Ahlen | - | SC Paderborn 07 | 3:1 | ||||
| 33. Jornada | 24.05.1999 | SC Paderborn 07 | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 34. Jornada | 30.05.1999 | 1. FC Saarbrücken | - | SC Paderborn 07 | 1:1 |
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