| 6. Jornada | 06.09.2003 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 0:5 | ||||
| 10. Jornada | 15.10.2003 | Schalke II | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 17. Jornada | 22.11.2003 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 1:0 | ||||
| 20. Jornada | 28.02.2004 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 25. Jornada | 02.04.2004 | FC St. Pauli | - | Chemnitzer FC | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 12.04.2004 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 27. Jornada | 16.04.2004 | FC St. Pauli | - | Schalke II | 2:0 | ||||
| 28. Jornada | 25.04.2004 | Borussia Dortmund II | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 31. Jornada | 15.05.2004 | FC St. Pauli | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 32. Jornada | 22.05.2004 | VfR Neumünster | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 33. Jornada | 30.05.2004 | FC St. Pauli | - | KFC Uerdingen 05 | 1:1 |  |
|||
| 34. Jornada | 05.06.2004 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 3:2 |
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