Entradas
| a partir de | Apellido | Pos | Equipo | Equipo | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 01/1999 |  | Gintaras Juodeikis | D |  | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 | | Edvinas Lukoševičius | D | | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 | | Deividas Lunskis | D | | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 | | Andrius Gedgaudas | M | | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 | | Jonas Jakimavičius | M | |||
| 01/1999 | | Tomas Kavolis | M | |||
| 01/1999 | | Robertas Poškus | A | | FK Atlantas | Atlantas |
| 07/1998 | | Marius Poškus | P |  | Inkaras Kaunas | Inkaras Kaunas |
| 07/1998 | | Darius Maciulevičius | M | | Inkaras Kaunas | Inkaras Kaunas |
| 07/1998 | | Kęstutis Rudžionis | M | | Inkaras Kaunas | Inkaras Kaunas |
| 07/1998 | | Vaidas Žutautas | P |  | Royal Antwerp FC | Antwerpen |
| 07/1998 | | Gytis Gelgota | D |  | FK Panerys | FK Panerys |
| 07/1998 | | Tadas Gražiūnas | D | | FK Panerys | FK Panerys |
| 07/1998 | | Tomas Žiukas | D |  | 1. FC Lok Leipzig | Lok Leipzig |
| 07/1998 |  | Maksim Razumov | M |  | FK Vitebsk | FK Vitebsk |
| 07/1998 | | Vidas Dančenko | A |  | Rubin Kazan | Kazan |
| 07/1998 | | Egidijus Juška | A | | FK Panerys | FK Panerys |
Salidas
| a partir de | Apellido | Pos | Equipo | Equipo | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 01/1999 | | Marius Poškus | P | | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 | | Gytis Gelgota | D |  | FK Žalgiris | Žalgiris |
| 01/1999 | | Tomas Žiukas | D | | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 | | Mindaugas Čepas | M | | FK Atlantas | Atlantas |
| 01/1999 | | Maksim Razumov | M |  | FK Gomel | FK Gomel |
| 01/1999 | | Kęstutis Rudžionis | M | | Inkaras Kaunas | Inkaras Kaunas |
| 01/1999 | | Vidas Dančenko | A |  | FK Elista | Elista |
| 01/1999 | | Audrius Žuta | A | | FK Atlantas | Atlantas |
| 09/1998 | | Egidijus Juška | A | | FK Žalgiris | Žalgiris |
| 08/1998 | | Deividas Lunskis | D | | FK Atlantas | Atlantas |
| 07/1998 | | Julius Raliukonis | D | | FK Atlantas | Atlantas |
| 07/1998 | | Šenderis Giršovicius | DT |  | FBK Kaunas | FBK Kaunas |