1. Jornada 20.09.1999 Panathinaikos - AO Trikala 2:0
2. Jornada 26.09.1999 AEK Athen - Panathinaikos 1:2 Tarjeta amarilla
3. Jornada 03.10.1999 Panathinaikos - PAOK Saloniki 1:1 Tarjeta amarilla
4. Jornada 17.10.1999 Panathinaikos - Kalamata 5:0
5. Jornada 25.10.1999 Ethnikos Asteras - Panathinaikos 1:2
6. Jornada 31.10.1999 Panathinaikos - Iraklis Saloniki 3:0
7. Jornada 08.11.1999 Paniliakos Pyrgos - Panathinaikos 0:1
8. Jornada 21.11.1999 Panathinaikos - Olympiacos 2:0
9. Jornada 29.11.1999 Ionikos Nikea - Panathinaikos 2:2 Doble amarilla
11. Jornada 13.12.1999 OFI Heraklion - Panathinaikos 3:4
12. Jornada 23.12.1999 Skoda Xanthi - Panathinaikos 1:3
13. Jornada 29.12.1999 Panathinaikos - Panachaiki GE 7:1
14. Jornada 08.01.2000 AO Proodeftiki - Panathinaikos 1:0
15. Jornada 17.01.2000 Panathinaikos - Panionios GSS 2:1
16. Jornada 22.01.2000 Apollon Smyrnis - Panathinaikos 0:3 Tarjeta amarilla
18. Jornada 06.02.2000 AO Trikala - Panathinaikos 1:3
19. Jornada 13.02.2000 Panathinaikos - AEK Athen 1:0
20. Jornada 20.02.2000 PAOK Saloniki - Panathinaikos 1:3 Tarjeta amarilla
21. Jornada 28.02.2000 Kalamata - Panathinaikos 0:0
22. Jornada 05.03.2000 Panathinaikos - Ethnikos Asteras 4:0 Tarjeta amarilla
23. Jornada 12.03.2000 Iraklis Saloniki - Panathinaikos 1:3
25. Jornada 26.03.2000 Olympiacos - Panathinaikos 2:2
27. Jornada 12.04.2000 Aris Saloniki - Panathinaikos 0:2
28. Jornada 17.04.2000 Panathinaikos - OFI Heraklion 3:2
30. Jornada 03.05.2000 Panachaiki GE - Panathinaikos 1:0
31. Jornada 08.05.2000 Panathinaikos - AO Proodeftiki 3:1
32. Jornada 14.05.2000 Panionios GSS - Panathinaikos 0:4
33. Jornada 21.05.2000 Panathinaikos - Apollon Smyrnis 5:0