| 16. Jornada | 18.01.2017 | Xanthi FC | - | AEP Iraklis FC | 3:1 | ||||
| 17. Jornada | 21.01.2017 | AEP Iraklis FC | - | Veria FC | 1:1 | ||||
| 2. Jornada | 25.01.2017 | Veria FC | - | AEP Iraklis FC | 0:2 | ||||
| 18. Jornada | 28.01.2017 | AEP Iraklis FC | - | AE Lárissa | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 01.02.2017 | AEP Iraklis FC | - | AO Kerkyra | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 05.02.2017 | Olympiacos | - | AEP Iraklis FC | 3:0 | ||||
| 20. Jornada | 13.02.2017 | AEP Iraklis FC | - | AEK Athen | 2:2 | ||||
| 21. Jornada | 19.02.2017 | Panionios GSS | - | AEP Iraklis FC | 1:0 | ||||
| 22. Jornada | 26.02.2017 | AEP Iraklis FC | - | PAOK Saloniki | 1:1 |  |
|||
| 23. Jornada | 05.03.2017 | Atromitos | - | AEP Iraklis FC | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 11.03.2017 | AEP Iraklis FC | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 25. Jornada | 20.03.2017 | Platanias Chanion | - | AEP Iraklis FC | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 02.04.2017 | AO Kerkyra | - | AEP Iraklis FC | 0:3 | ||||
| 27. Jornada | 05.04.2017 | AEP Iraklis FC | - | Levadiakos | 1:0 | ||||
| 28. Jornada | 09.04.2017 | PAS Giannina | - | AEP Iraklis FC | 1:2 | ||||
| 29. Jornada | 23.04.2017 | AEP Iraklis FC | - | Panetolikos | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 30.04.2017 | Asteras Tripolis | - | AEP Iraklis FC | 2:2 |
Grecia