| 16. Jornada | 06.01.2007 | OFI Heraklion | - | Atromitos | 4:1 | ||||
| 17. Jornada | 14.01.2007 | Atromitos | - | AE Lárissa | 2:2 | ||||
| 18. Jornada | 21.01.2007 | AEK Athen | - | Atromitos | 3:0 | ||||
| 20. Jornada | 03.02.2007 | Iraklis Saloniki | - | Atromitos | 2:3 | ||||
| 21. Jornada | 11.02.2007 | Atromitos | - | AO Egaleo | 1:1 | ||||
| 22. Jornada | 18.02.2007 | Olympiacos | - | Atromitos | 4:1 | ||||
| 23. Jornada | 24.02.2007 | Atromitos | - | Ionikos Nikea | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 04.03.2007 | Ergotelis | - | Atromitos | 1:0 | ||||
| 25. Jornada | 10.03.2007 | Atromitos | - | Skoda Xanthi | 3:3 | ||||
| 26. Jornada | 18.03.2007 | Panathinaikos | - | Atromitos | 1:2 |  |
|||
| 27. Jornada | 15.04.2007 | Atromitos | - | Panionios GSS | 0:1 | ||||
| 28. Jornada | 22.04.2007 | Apollon Kalamarias | - | Atromitos | 1:0 | ||||
| 29. Jornada | 29.04.2007 | Atromitos | - | PAOK Saloniki | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 13.05.2007 | Aris Saloniki | - | Atromitos | 1:2 |
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