| 2. Jornada | 09.03.2013 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:6 |  |
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| 4. Jornada | 30.03.2013 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 0:3 | |
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| 8. Jornada | 26.04.2013 | FC Flora | - | JK Tammeka | 2:0 | |
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| 11. Jornada | 14.05.2013 | JK Tammeka | - | FC Flora | 1:4 | |
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| 12. Jornada | 21.05.2013 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 6:0 | |
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| 14. Jornada | 31.05.2013 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 4:3 | |
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| 18. Jornada | 15.07.2013 | JK Tallinna Kalev | - | FC Flora | 2:4 | |
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| 24. Jornada | 20.08.2013 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 1:4 | |
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| 26. Jornada | 31.08.2013 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:5 | |
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| 27. Jornada | 13.09.2013 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 5:0 | |
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| 30. Jornada | 28.09.2013 | FC Infonet | - | FC Flora | 1:2 | |
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| 31. Jornada | 01.10.2013 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 2:0 | |
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| 34. Jornada | 26.10.2013 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 4:0 | |
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