| 15. Jornada | 17.01.2000 | Aris Saloniki | - | Ionikos Nikea | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 23.01.2000 | Ionikos Nikea | - | OFI Heraklion | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 20.02.2000 | Ionikos Nikea | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 27.02.2000 | Apollon Smyrnis | - | Ionikos Nikea | 0:2 | ||||
| 26. Jornada | 02.04.2000 | Panathinaikos | - | Ionikos Nikea | 5:0 | ||||
| 27. Jornada | 12.04.2000 | Ionikos Nikea | - | Ethnikos Asteras | 3:0 | ||||
| 28. Jornada | 16.04.2000 | Iraklis Saloniki | - | Ionikos Nikea | 3:2 | ||||
| 29. Jornada | 23.04.2000 | Ionikos Nikea | - | Paniliakos Pyrgos | 0:2 | ||||
| 33. Jornada | 21.05.2000 | OFI Heraklion | - | Ionikos Nikea | 2:0 |
Grecia