| Tercera ronda | 18.02.2009 | Werder Bremen | - | Milan | 1:1 | ||||
| Tercera ronda | 26.02.2009 | Milan | - | Werder Bremen | 2:2 | ||||
| Octavos de final | 12.03.2009 | Werder Bremen | - | Saint-Étienne | 1:0 | ||||
| Octavos de final | 18.03.2009 | Saint-Étienne | - | Werder Bremen | 2:2 | ||||
| Cuartos de final | 09.04.2009 | Werder Bremen | - | Udinese | 3:1 |  |
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| Cuartos de final | 16.04.2009 | Udinese | - | Werder Bremen | 3:3 | ||||
| Semifinales | 30.04.2009 | Werder Bremen | - | Hamburgo | 0:1 | |
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| Final | 20.05.2009 | Shakhtar Donetsk | - | Werder Bremen | 2:1 pró. | |
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