| 1. Jornada | 12.08.2000 | LR Ahlen | - | FC St. Pauli | 3:6 | ||||
| 2. Jornada | 18.08.2000 | FC St. Pauli | - | Waldhof Mannheim | 5:0 | ||||
| 3. Jornada | 05.09.2000 | SSV Reutlingen | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 5. Jornada | 15.09.2000 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 4:1 | ||||
| 7. Jornada | 30.09.2000 | Bor. Mönchengladbach | - | FC St. Pauli | 4:2 | ||||
| 9. Jornada | 20.10.2000 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 10. Jornada | 29.10.2000 | FC St. Pauli | - | 1. FC Saarbrücken | 2:2 | ||||
| 12. Jornada | 11.11.2000 | FC St. Pauli | - | SSV Ulm 1846 | 1:0 | ||||
| 13. Jornada | 19.11.2000 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC St. Pauli | 2:3 | ||||
| 14. Jornada | 27.11.2000 | FC St. Pauli | - | Mainz | 2:2 | ||||
| 17. Jornada | 14.12.2000 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 1:0 |
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