| 16. Jornada | 23.01.1999 | Skoda Xanthi | - | AEK Athen | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 30.01.1999 | Apollon Smyrnis | - | Skoda Xanthi | 2:1 | ||||
| 18. Jornada | 07.02.1999 | Skoda Xanthi | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 15.02.1999 | Veria FC | - | Skoda Xanthi | 2:0 | ||||
| 20. Jornada | 21.02.1999 | Skoda Xanthi | - | OFI Heraklion | 3:1 | ||||
| 21. Jornada | 28.02.1999 | Paniliakos Pyrgos | - | Skoda Xanthi | 1:0 |  |
|||
| 22. Jornada | 07.03.1999 | Skoda Xanthi | - | AO Proodeftiki | 4:1 | ||||
| 23. Jornada | 14.03.1999 | Skoda Xanthi | - | Ethnikos Asteras | 0:1 | ||||
| 24. Jornada | 21.03.1999 | PAOK Saloniki | - | Skoda Xanthi | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 04.04.1999 | Skoda Xanthi | - | Ionikos Nikea | 2:2 | ||||
| 26. Jornada | 18.04.1999 | Aris Saloniki | - | Skoda Xanthi | 1:2 | |
|||
| 27. Jornada | 25.04.1999 | Skoda Xanthi | - | AO Kavala | 4:1 | ||||
| 28. Jornada | 02.05.1999 | Panathinaikos | - | Skoda Xanthi | 2:1 | ||||
| 29. Jornada | 09.05.1999 | Skoda Xanthi | - | Ethnikos Piraeus | 2:0 | ||||
| 30. Jornada | 12.05.1999 | Iraklis Saloniki | - | Skoda Xanthi | 2:2 | ||||
| 32. Jornada | 19.05.1999 | Skoda Xanthi | - | Olympiacos | 0:2 |
Irán