| 1. Jornada | 02.03.2013 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 4:1 |  |
|||
| 3. Jornada | 16.03.2013 | FC Flora | - | FC Infonet | 1:1 | |
|||
| 8. Jornada | 26.04.2013 | FC Flora | - | JK Tammeka | 2:0 | |
|||
| 10. Jornada | 11.05.2013 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 3:0 | |
|||
| 34. Jornada | 26.10.2013 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 4:0 | |
|||
| 35. Jornada | 02.11.2013 | JK Tammeka | - | FC Flora | 0:4 | |
Estonia