| 2. Jornada | 09.03.2016 | FK Sūduva | - | FK Atlantas | 1:0 | ||||
| 5. Jornada | 02.04.2016 | FK Atlantas | - | Kauno Žalgiris | 3:1 |  |
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| 7. Jornada | 17.04.2016 | FK Trakai | - | FK Atlantas | 2:0 | |
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| 8. Jornada | 21.04.2016 | FC Stumbras | - | FK Atlantas | 2:3 | ||||
| 9. Jornada | 27.04.2016 | FK Atlantas | - | FK Sūduva | 1:2 | |
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| 23. Jornada | 24.08.2016 | FK Atlantas | - | FK Sūduva | 2:1 | |
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| 25. Jornada | 15.09.2016 | FK Atlantas | - | FK Jonava | 0:0 | ||||
| 26. Jornada | 21.09.2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Atlantas | 1:1 | ||||
| 28. Jornada | 16.10.2016 | FK Atlantas | - | FK Trakai | 0:1 |
Lituania