| 18. Jornada | 03.03.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 0:6 | ||||
| 19. Jornada | 11.03.2017 | CSKA Moscú | - | FK Tom Tomsk | 4:0 | ||||
| 20. Jornada | 18.03.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Amkar Perm | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 01.04.2017 | Arsenal Tula | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 22. Jornada | 10.04.2017 | FK Tom Tomsk | - | Rubin Kazan | 2:2 | ||||
| 23. Jornada | 16.04.2017 | FK Ural | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 23.04.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Orenburg | 1:2 | ||||
| 25. Jornada | 27.04.2017 | Anzhi Makhachkala | - | FK Tom Tomsk | 3:3 |  |
|||
| 26. Jornada | 01.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Zenit | 0:2 | ||||
| 27. Jornada | 06.05.2017 | Spartak Moskva | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | |
|||
| 28. Jornada | 14.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 1:2 | ||||
| 29. Jornada | 17.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:2 | ||||
| 30. Jornada | 21.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Krasnodar | 1:5 |
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