| Grupo D | 26.10.2016 | PAS Giannina | - | Xanthi FC | 1:0 |  |
|||
| Grupo D | 01.12.2016 | Xanthi FC | - | AEL Kalloni | 3:1 |  |
|||
| Grupo D | 13.12.2016 | Agrotikos Asteras | - | Xanthi FC | 1:1 | |
|||
| Octavos de final | 24.01.2017 | Xanthi FC | - | OFI Heraklion | 1:0 | ||||
| Octavos de final | 31.01.2017 | OFI Heraklion | - | Xanthi FC | 2:1 |
Grecia