| 15. Jornada | 16.01.2000 | PAOK Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 22.01.2000 | Apollon Smyrnis | - | Panathinaikos | 0:3 | ||||
| 18. Jornada | 07.02.2000 | Apollon Smyrnis | - | Iraklis Saloniki | 1:0 |  |
|||
| 19. Jornada | 13.02.2000 | Paniliakos Pyrgos | - | Apollon Smyrnis | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 20.02.2000 | Olympiacos | - | Apollon Smyrnis | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 27.02.2000 | Apollon Smyrnis | - | Ionikos Nikea | 0:2 | |
|||
| 23. Jornada | 13.03.2000 | Apollon Smyrnis | - | OFI Heraklion | 1:2 | ||||
| 29. Jornada | 23.04.2000 | AO Kavala | - | Apollon Smyrnis | 1:3 | ||||
| 30. Jornada | 03.05.2000 | Apollon Smyrnis | - | AO Trikala | 5:2 | ||||
| 31. Jornada | 07.05.2000 | AEK Athen | - | Apollon Smyrnis | 3:0 | ||||
| 32. Jornada | 13.05.2000 | Apollon Smyrnis | - | PAOK Saloniki | 3:4 | ||||
| 34. Jornada | 28.05.2000 | Apollon Smyrnis | - | Ethnikos Asteras | 0:1 | |
Grecia