| 1. MFL | 26.02.17 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 3:1 | ||||
| 1. MFL | 05.04.17 | FK Rabotnički | - | KF Shkëndija 79 | 1:0 | ||||
| 1. MFL | 23.04.17 | Sileks Kratovo | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | ||||
| 1. MFL | 26.04.17 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 3:1 | ||||
| 1. MFL | 03.05.17 | FK Pobeda Junior | - | KF Shkëndija 79 | 1:0 | ||||
| Kup | 17.05.17 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 3:4 pn. | ||||
| 1. MFL | 30.09.17 | FK Pelister | - | KF Shkëndija 79 | 1:3 |
Croacia