| 4. Jornada | 02.08.2009 | Atlético Junior | - | Once Caldas | 4:2 | ||||
| 5. Jornada | 09.08.2009 | Deportivo Pasto | - | Atlético Junior | 1:0 |  |
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| 6. Jornada | 16.08.2009 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 5:2 | ||||
| 7. Jornada | 23.08.2009 | Real Cartagena | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 8. Jornada | 30.08.2009 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 5:2 | ||||
| 9. Jornada | 13.09.2009 | Atlético Junior | - | Real Cartagena | 3:1 | ||||
| 10. Jornada | 20.09.2009 | Santa Fe | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 11. Jornada | 27.09.2009 | Atlético Junior | - | Envigado FC | 4:1 | |
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| 12. Jornada | 05.10.2009 | Independiente Medellín | - | Atlético Junior | 1:0 | ||||
| 14. Jornada | 21.10.2009 | La Equidad | - | Atlético Junior | 1:0 |  |
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| 17. Jornada | 08.11.2009 | Deportes Quindío | - | Atlético Junior | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 15.11.2009 | Atlético Junior | - | Deportes Tolima | 2:1 |
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