| 1. Jornada | 06.08.2006 | Atlas Guadalajara | - | Pumas UNAM | 1:0 | ||||
| 3. Jornada | 20.08.2006 | Atlas Guadalajara | - | CF América | 2:0 | ||||
| 7. Jornada | 10.09.2006 | Atlante | - | Atlas Guadalajara | 0:2 | ||||
| 8. Jornada | 14.09.2006 | Atlas Guadalajara | - | Veracruz (old) | 3:1 | ||||
| 10. Jornada | 24.09.2006 | Atlas Guadalajara | - | Deportivo Toluca | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 01.10.2006 | Santos Laguna | - | Atlas Guadalajara | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 08.10.2006 | Atlas Guadalajara | - | CF Pachuca | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 29.10.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Atlas Guadalajara | 3:1 | ||||
| 16. Jornada | 05.11.2006 | Atlas Guadalajara | - | Club Necaxa | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 11.11.2006 | Gallos Blancos (old) | - | Atlas Guadalajara | 1:1 |
México