| 1. Jornada | 18.01.2009 | Deportivo Toluca | - | Atlante | 3:3 | ||||
| 5. Jornada | 15.02.2009 | Atlas Guadalajara | - | Atlante | 1:0 | ||||
| 7. Jornada | 22.02.2009 | Club San Luis | - | Atlante | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 01.03.2009 | Cruz Azul | - | Atlante | 0:0 |  |
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| 9. Jornada | 08.03.2009 | Atlante | - | CF América | 3:1 | |
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| 10. Jornada | 15.03.2009 | Pumas UNAM | - | Atlante | 3:1 | ||||
| 12. Jornada | 05.04.2009 | Indios Juárez | - | Atlante | 0:0 | ||||
| 16. Jornada | 03.05.2009 | Club Necaxa | - | Atlante | 1:1 |
México