| 20. Jornada | 06.01.2013 | Real Murcia | - | Hércules CF | 2:1 | ||||
| 21. Jornada | 13.01.2013 | Hércules CF | - | Real Racing | 2:0 |  |
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| 22. Jornada | 20.01.2013 | Hércules CF | - | Lugo | 3:0 | ||||
| 23. Jornada | 26.01.2013 | Elche | - | Hércules CF | 2:0 | ||||
| 24. Jornada | 02.02.2013 | Hércules CF | - | Alcorcón | 3:0 | ||||
| 28. Jornada | 03.03.2013 | Hércules CF | - | Almería | 0:2 | ||||
| 29. Jornada | 11.03.2013 | Real Madrid Castilla | - | Hércules CF | 1:1 | |
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| 30. Jornada | 17.03.2013 | Hércules CF | - | CE Sabadell | 3:1 | ||||
| 31. Jornada | 24.03.2013 | CD Guadalajara | - | Hércules CF | 0:2 | |
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| 32. Jornada | 31.03.2013 | Hércules CF | - | Ponferradina | 1:1 | ||||
| 33. Jornada | 07.04.2013 | Xerez CD | - | Hércules CF | 0:0 | ||||
| 34. Jornada | 13.04.2013 | Las Palmas | - | Hércules CF | 0:0 | ||||
| 35. Jornada | 21.04.2013 | Hércules CF | - | Córdoba | 1:0 | ||||
| 36. Jornada | 27.04.2013 | Sporting | - | Hércules CF | 0:1 | ||||
| 37. Jornada | 05.05.2013 | Hércules CF | - | Huesca | 2:1 | |
|||
| 38. Jornada | 13.05.2013 | RC Recreativo | - | Hércules CF | 0:2 | ||||
| 39. Jornada | 19.05.2013 | Hércules CF | - | Mirandés | 1:0 | ||||
| 40. Jornada | 26.05.2013 | Numancia | - | Hércules CF | 3:2 | ||||
| 41. Jornada | 02.06.2013 | Hércules CF | - | Real Murcia | 0:2 | |
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