| 4. Jornada | 02.09.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Mainz | 1:2 | ||||
| 6. Jornada | 23.09.2007 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC Carl Zeiss Jena | 5:1 | ||||
| 7. Jornada | 26.09.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Offenbach | 2:0 |  |
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| 8. Jornada | 30.09.2007 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 |  |
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| 9. Jornada | 05.10.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | TSV 1860 München | 0:2 | ||||
| 10. Jornada | 21.10.2007 | SC Paderborn 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | ||||
| 12. Jornada | 05.11.2007 | Bor. Mönchengladbach | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 13. Jornada | 11.11.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Hoffenheim | 0:1 | ||||
| 14. Jornada | 23.11.2007 | VfL Osnabrück | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 30.11.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Erzgebirge Aue | 2:1 | |
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| 16. Jornada | 09.12.2007 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:3 | ||||
| 17. Jornada | 16.12.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Augsburgo | 1:2 |
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