| 2. Jornada | 06.03.2012 | Universitario de Deportes | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 3. Jornada | 11.03.2012 | Cienciano | - | León de Huánuco | 2:3 | ||||
| 4. Jornada | 18.03.2012 | Real Garcilaso | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 01.04.2012 | César Vallejo | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 7. Jornada | 08.04.2012 | Cienciano | - | Unión Comercio | 0:0 | ||||
| 8. Jornada | 15.04.2012 | FBC Melgar | - | Cienciano | 3:0 | ||||
| 9. Jornada | 22.04.2012 | Cienciano | - | Sport Huancayo | 2:2 |  |
|||
| 10. Jornada | 29.04.2012 | Alianza Lima | - | Cienciano | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 03.05.2012 | Cienciano | - | Inti Gas | 1:2 | ||||
| 12. Jornada | 06.05.2012 | Cienciano | - | José Gálvez | 3:1 | ||||
| 13. Jornada | 12.05.2012 | Sporting Cristal | - | Cienciano | 4:0 | ||||
| 14. Jornada | 20.05.2012 | Cienciano | - | Juan Aurich | 0:1 | ||||
| 16. Jornada | 16.06.2012 | Sport Boys | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 17. Jornada | 23.06.2012 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 2:3 | ||||
| 18. Jornada | 27.06.2012 | León de Huánuco | - | Cienciano | 4:1 |
Perú