| Primera etapa | 23.08.2006 | Deportes Tolima | - | Independiente Medellín | 3:1 | ||||
| Primera etapa | 29.08.2006 | Independiente Medellín | - | Deportes Tolima | 1:1 |  |
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| Segunda etapa | 05.09.2006 | Deportes Tolima | - | Mineros de Guayana | 0:0 | ||||
| Segunda etapa | 21.09.2006 | Mineros de Guayana | - | Deportes Tolima | 2:2 | |
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| Octavos de final | 26.09.2006 | Deportes Tolima | - | CF Pachuca | 2:1 | |
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| Octavos de final | 10.10.2006 | CF Pachuca | - | Deportes Tolima | 5:1 |
Colombia