| 30. Jornada | 01.04.2006 | Colonia | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 |  |
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| 31. Jornada | 08.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 27. Jornada | 19.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfL Osnabrück | 1:0 | |
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| 33. Jornada | 23.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 0:0 | ||||
| 34. Jornada | 29.04.2006 | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 35. Jornada | 06.05.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Emden | 2:0 | |
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| 36. Jornada | 13.05.2006 | VfB Lübeck | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 37. Jornada | 20.05.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Fortuna Düsseldorf | 2:3 |  |
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| 38. Jornada | 27.05.2006 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 |
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