| 10. Jornada | 21.09.2016 | FC Koper | - | NK Maribor | 1:2 |  |
|||
| 11. Jornada | 25.09.2016 | NK Aluminij | - | FC Koper | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 28.09.2016 | ND Gorica | - | FC Koper | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 01.10.2016 | FC Koper | - | Rudar Velenje | 1:4 | ||||
| 13. Jornada | 16.10.2016 | NK Celje | - | FC Koper | 1:1 | |
|||
| 14. Jornada | 22.10.2016 | FC Koper | - | NK Domžale | 1:3 | ||||
| 15. Jornada | 30.10.2016 | NK Radomlje | - | FC Koper | 1:3 | ||||
| 17. Jornada | 19.11.2016 | NK Krško | - | FC Koper | 0:0 | ||||
| 18. Jornada | 26.11.2016 | FC Koper | - | ND Gorica | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 30.11.2016 | NK Maribor | - | FC Koper | 4:0 | ||||
| 20. Jornada | 03.12.2016 | FC Koper | - | NK Aluminij | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 10.12.2016 | Rudar Velenje | - | FC Koper | 2:2 | ||||
| 22. Jornada | 26.02.2017 | FC Koper | - | NK Celje | 1:1 | ||||
| 23. Jornada | 04.03.2017 | NK Domžale | - | FC Koper | 0:1 | ||||
| 24. Jornada | 11.03.2017 | FC Koper | - | NK Radomlje | 4:1 |  |
|||
| 25. Jornada | 19.03.2017 | Olimpija Ljubljana | - | FC Koper | 1:1 | |
|||
| 26. Jornada | 28.03.2017 | FC Koper | - | NK Krško | 0:2 | ||||
| 27. Jornada | 01.04.2017 | ND Gorica | - | FC Koper | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 08.04.2017 | FC Koper | - | NK Maribor | 2:2 | ||||
| 29. Jornada | 17.04.2017 | NK Aluminij | - | FC Koper | 2:2 |
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