| 17. Jornada | 01.03.2025 | Zbrojovka Brno | - | MFK Chrudim | 0:0 | ||||
| 18. Jornada | 08.03.2025 | MFK Chrudim | - | Slavia Praha B | 0:1 | ||||
| 21. Jornada | 06.04.2025 | AC Sparta Praha B | - | MFK Chrudim | 2:2 |  |
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| 22. Jornada | 12.04.2025 | MFK Chrudim | - | SFC Opava | 2:0 | ||||
| 23. Jornada | 16.04.2025 | MFK Chrudim | - | MFK Vyškov | 3:0 | |
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| 24. Jornada | 19.04.2025 | FK MAS Táborsko | - | MFK Chrudim | 1:2 | |
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| 25. Jornada | 26.04.2025 | MFK Chrudim | - | SK Líšeň | 1:1 | ||||
| 26. Jornada | 04.05.2025 | Viktoria Žižkov | - | MFK Chrudim | 1:2 | |
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| 27. Jornada | 07.05.2025 | MFK Chrudim | - | 1. SK Prostějov | 1:3 | |
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| 30. Jornada | 25.05.2025 | Sigma Olomouc B | - | MFK Chrudim | 3:1 |
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