| 1. Jornada | 06.02.2016 | Club Deportivo River Plate Ecuador | - | Mushuc Runa | 3:1 | ||||
| 2. Jornada | 14.02.2016 | Mushuc Runa | - | Emelec | 0:3 | ||||
| 3. Jornada | 17.02.2016 | Fuerza Amarilla | - | Mushuc Runa | 0:0 | ||||
| 4. Jornada | 21.02.2016 | Mushuc Runa | - | Universidad Catolica | 2:1 |  |
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| 5. Jornada | 28.02.2016 | Aucas | - | Mushuc Runa | 1:1 | ||||
| 6. Jornada | 06.03.2016 | Delfín SC | - | Mushuc Runa | 1:1 | |
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| 12. Jornada | 16.04.2016 | El Nacional | - | Mushuc Runa | 0:1 | ||||
| 14. Jornada | 08.05.2016 | Deportivo Cuenca | - | Mushuc Runa | 1:0 | ||||
| 15. Jornada | 15.05.2016 | Mushuc Runa | - | LDU Quito | 2:2 | ||||
| 16. Jornada | 21.05.2016 | Barcelona | - | Mushuc Runa | 3:1 | |
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| 13. Jornada | 29.06.2016 | Mushuc Runa | - | Independiente del Valle | 1:3 | ||||
| 19. Jornada | 09.07.2016 | Universidad Catolica | - | Mushuc Runa | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 13.07.2016 | Mushuc Runa | - | Fuerza Amarilla | 0:2 | ||||
| 21. Jornada | 18.07.2016 | Emelec | - | Mushuc Runa | 4:0 | ||||
| 22. Jornada | 24.07.2016 | Mushuc Runa | - | Club Deportivo River Plate Ecuador | 0:1 |
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