| 1. Jornada | 04.07.2016 | Santa Fe | - | Boyacá Chicó | 1:0 | ||||
| 2. Jornada | 10.07.2016 | Boyacá Chicó | - | Deportivo Pasto | 0:2 |  |
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| 5. Jornada | 23.07.2016 | Águilas Doradas | - | Boyacá Chicó | 2:1 | ||||
| 6. Jornada | 31.07.2016 | Boyacá Chicó | - | Deportes Tolima | 0:4 | ||||
| 8. Jornada | 15.08.2016 | Boyacá Chicó | - | Atlético Nacional | 1:1 | |
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| 9. Jornada | 21.08.2016 | Boyacá Chicó | - | Once Caldas | 2:1 | |
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| 3. Jornada | 25.08.2016 | Alianza Petrolera | - | Boyacá Chicó | 1:0 | ||||
| 10. Jornada | 28.08.2016 | Patriotas FC | - | Boyacá Chicó | 1:0 | ||||
| 11. Jornada | 12.09.2016 | Deportivo Cali | - | Boyacá Chicó | 2:0 | ||||
| 12. Jornada | 15.09.2016 | Boyacá Chicó | - | Millonarios | 0:1 | |
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| 13. Jornada | 17.09.2016 | Atlético Bucaramanga | - | Boyacá Chicó | 2:0 | |
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| 15. Jornada | 09.10.2016 | Envigado FC | - | Boyacá Chicó | 3:1 | |
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| 16. Jornada | 15.10.2016 | Boyacá Chicó | - | Cortuluá | 3:1 | |
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| 17. Jornada | 22.10.2016 | La Equidad | - | Boyacá Chicó | 1:2 | |
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| 18. Jornada | 29.10.2016 | Boyacá Chicó | - | Atlético Huila | 2:0 | |
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| 19. Jornada | 06.11.2016 | Independiente Medellín | - | Boyacá Chicó | 3:2 |  |
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