| Grupo B | 18.09.2016 | Alianza Atlético | - | Universidad San Martín | 2:3 | ||||
| Grupo B | 25.09.2016 | Alianza Lima | - | Alianza Atlético | 0:0 | ||||
| Grupo B | 27.09.2016 | Universidad Técnica | - | Alianza Atlético | 4:0 | ||||
| Grupo B | 16.10.2016 | Alianza Atlético | - | Comerciantes Unidos | 1:0 | ||||
| Grupo B | 19.10.2016 | Alianza Atlético | - | Universitario de Deportes | 1:3 | ||||
| Grupo B | 23.10.2016 | Sport Huancayo | - | Alianza Atlético | 3:1 | ||||
| Grupo B | 29.10.2016 | Alianza Atlético | - | Ayacucho FC | 1:1 | ||||
| Grupo B | 02.11.2016 | Universidad San Martín | - | Alianza Atlético | 3:1 | ||||
| Grupo B | 20.11.2016 | Alianza Atlético | - | Alianza Lima | 4:0 | ||||
| Grupo B | 24.11.2016 | Alianza Atlético | - | Universidad Técnica | 4:2 | ||||
| Grupo B | 27.11.2016 | Comerciantes Unidos | - | Alianza Atlético | 7:2 |  |
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