| 1. Jornada | 30.07.2016 | FC Fastav Zlín | - | 1. FK Příbram | 2:0 | ||||
| 2. Jornada | 08.08.2016 | Slavia Praga | - | FC Fastav Zlín | 2:2 |  |
|||
| 3. Jornada | 13.08.2016 | FC Fastav Zlín | - | Slovan Liberec | 2:1 | |
|||
| 4. Jornada | 20.08.2016 | Viktoria Plzeň | - | FC Fastav Zlín | 0:2 | ||||
| 5. Jornada | 29.08.2016 | FC Fastav Zlín | - | MFK Karviná | 3:0 | ||||
| 6. Jornada | 09.09.2016 | 1. FC Slovácko | - | FC Fastav Zlín | 1:3 | ||||
| 7. Jornada | 19.09.2016 | FC Fastav Zlín | - | Sparta Praga | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 24.09.2016 | FC Hradec Králové | - | FC Fastav Zlín | 0:2 | ||||
| 17. Jornada | 20.02.2017 | Slovan Liberec | - | FC Fastav Zlín | 0:0 | ||||
| 18. Jornada | 25.02.2017 | FC Fastav Zlín | - | Viktoria Plzeň | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 05.03.2017 | MFK Karviná | - | FC Fastav Zlín | 1:0 | ||||
| 20. Jornada | 11.03.2017 | FC Fastav Zlín | - | 1. FC Slovácko | 1:1 | ||||
| 21. Jornada | 17.03.2017 | Sparta Praga | - | FC Fastav Zlín | 0:0 | ||||
| 22. Jornada | 01.04.2017 | FC Fastav Zlín | - | FC Hradec Králové | 1:3 |
Croacia