| 3. Jornada | 11.09.2016 | PAS Giannina | - | Atromitos | 3:0 | ||||
| 4. Jornada | 18.09.2016 | Atromitos | - | Panetolikos | 0:2 | ||||
| 5. Jornada | 25.09.2016 | Atromitos | - | Asteras Tripolis | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 03.10.2016 | Xanthi FC | - | Atromitos | 0:0 | ||||
| 7. Jornada | 16.10.2016 | Atromitos | - | Veria FC | 1:0 | ||||
| 8. Jornada | 23.10.2016 | AEP Iraklis FC | - | Atromitos | 1:2 |  |
|||
| 9. Jornada | 29.10.2016 | Atromitos | - | Olympiacos | 0:1 | ||||
| 12. Jornada | 28.11.2016 | PAOK Saloniki | - | Atromitos | 3:4 |  |
|||
| 14. Jornada | 11.12.2016 | Atromitos | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 15. Jornada | 17.12.2016 | Platanias Chanion | - | Atromitos | 3:0 | |
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