| 2. Jornada | 20.08.2006 | SC Paderborn 07 | - | Augsburgo | 1:0 | ||||
| 3. Jornada | 27.08.2006 | 1. FC Kaiserslautern | - | SC Paderborn 07 | 2:0 | ||||
| 8. Jornada | 22.10.2006 | Rot-Weiss Essen | - | SC Paderborn 07 | 2:2 | ||||
| 10. Jornada | 03.11.2006 | Karlsruher SC | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 11. Jornada | 07.11.2006 | SC Paderborn 07 | - | Hansa Rostock | 0:2 | ||||
| 16. Jornada | 10.12.2006 | MSV Duisburg | - | SC Paderborn 07 | 1:1 |  |
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