| 19. Jornada | 27.07.2016 | FK Žalgiris | - | FK Jonava | 4:1 | ||||
| 20. Jornada | 03.08.2016 | FK Jonava | - | FK Trakai | 1:1 | ||||
| 21. Jornada | 11.08.2016 | FC Stumbras | - | FK Jonava | 2:1 | ||||
| 22. Jornada | 17.08.2016 | FK Sūduva | - | FK Jonava | 0:0 |  |
|||
| 25. Jornada | 15.09.2016 | FK Atlantas | - | FK Jonava | 0:0 |  |
|||
| 26. Jornada | 20.09.2016 | FK Jonava | - | FK Žalgiris | 0:4 |
Ucrania