| 19. Jornada | 25.01.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Skoda Xanthi | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 01.02.2009 | Panserraikos | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 08.02.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | OFI Heraklion | 1:2 | ||||
| 22. Jornada | 14.02.2009 | AEK Athen | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 22.02.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Panthrakikos | 0:2 | ||||
| 24. Jornada | 28.02.2009 | Aris Saloniki | - | Thrasyvoulos Fylis | 2:1 |  |
|||
| 25. Jornada | 08.03.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Ergotelis | 1:3 |  |
|||
| 26. Jornada | 15.03.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 27. Jornada | 22.03.2009 | PAOK Saloniki | - | Thrasyvoulos Fylis | 2:1 | ||||
| 28. Jornada | 05.04.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Iraklis Saloniki | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 12.04.2009 | Panionios GSS | - | Thrasyvoulos Fylis | 4:1 | ||||
| 30. Jornada | 26.04.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Olympiacos | 0:2 |
Croacia