| 7. Jornada | 26.08.2012 | FC Koper | - | ND Mura 05 | 4:1 |  |
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| 9. Jornada | 16.09.2012 | FC Koper | - | NK Celje | 1:0 | |
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| 10. Jornada | 22.09.2012 | FC Koper | - | NK Aluminij | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 26.09.2012 | FC Koper | - | NK Maribor | 2:3 | |
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| 12. Jornada | 30.09.2012 | NK Triglav | - | FC Koper | 4:0 | ||||
| 13. Jornada | 06.10.2012 | FC Koper | - | NK Domžale | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 04.11.2012 | ND Mura 05 | - | FC Koper | 2:3 | |
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| 17. Jornada | 07.11.2012 | FC Koper | - | Olimpija Ljubljana | 2:0 | |
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| 18. Jornada | 10.11.2012 | NK Celje | - | FC Koper | 0:1 | ||||
| 19. Jornada | 18.11.2012 | NK Aluminij | - | FC Koper | 1:1 |
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