| 1. Jornada | 31.08.2008 | AE Lárissa | - | Thrasyvoulos Fylis | 3:0 |  |
|||
| 2. Jornada | 14.09.2008 | Levadiakos | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:0 | ||||
| 3. Jornada | 21.09.2008 | Thrasyvoulos Fylis | - | Asteras Tripolis | 0:2 | |
|||
| 4. Jornada | 28.09.2008 | Skoda Xanthi | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:0 | |
|||
| 5. Jornada | 05.10.2008 | Thrasyvoulos Fylis | - | Panserraikos | 0:1 | ||||
| 6. Jornada | 19.10.2008 | OFI Heraklion | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:3 | ||||
| 7. Jornada | 26.10.2008 | Thrasyvoulos Fylis | - | AEK Athen | 3:3 | ||||
| 8. Jornada | 02.11.2008 | Panthrakikos | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:0 | ||||
| 9. Jornada | 09.11.2008 | Thrasyvoulos Fylis | - | Aris Saloniki | 1:2 |  |
 |
||
| 10. Jornada | 16.11.2008 | Ergotelis | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:2 | |
|||
| 12. Jornada | 29.11.2008 | Thrasyvoulos Fylis | - | PAOK Saloniki | 1:2 | ||||
| 13. Jornada | 07.12.2008 | Iraklis Saloniki | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:1 | |
|||
| 14. Jornada | 14.12.2008 | Thrasyvoulos Fylis | - | Panionios GSS | 1:3 | ||||
| 15. Jornada | 21.12.2008 | Olympiacos | - | Thrasyvoulos Fylis | 2:1 | |
Grecia