| 13. Jornada | 03.12.2006 | Atromitos | - | Apollon Kalamarias | 1:1 |  |
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| 14. Jornada | 10.12.2006 | Apollon Kalamarias | - | Aris Saloniki | 1:1 | |
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| 15. Jornada | 17.12.2006 | AE Lárissa | - | Apollon Kalamarias | 0:1 | |
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| 16. Jornada | 07.01.2007 | Apollon Kalamarias | - | AO Kerkyra | 1:0 | ||||
| 17. Jornada | 13.01.2007 | AO Egaleo | - | Apollon Kalamarias | 2:0 | ||||
| 18. Jornada | 21.01.2007 | Apollon Kalamarias | - | Ionikos Nikea | 1:0 | ||||
| 19. Jornada | 28.01.2007 | Skoda Xanthi | - | Apollon Kalamarias | 0:0 | |
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| 20. Jornada | 04.02.2007 | Panionios GSS | - | Apollon Kalamarias | 3:1 | |
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| 21. Jornada | 11.02.2007 | Apollon Kalamarias | - | PAOK Saloniki | 3:1 | ||||
| 22. Jornada | 18.02.2007 | OFI Heraklion | - | Apollon Kalamarias | 2:0 | |
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| 24. Jornada | 04.03.2007 | Iraklis Saloniki | - | Apollon Kalamarias | 0:1 | ||||
| 25. Jornada | 11.03.2007 | Apollon Kalamarias | - | Olympiacos | 1:2 | ||||
| 26. Jornada | 18.03.2007 | Ergotelis | - | Apollon Kalamarias | 0:1 | ||||
| 27. Jornada | 15.04.2007 | Apollon Kalamarias | - | Panathinaikos | 1:1 |  |
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| 29. Jornada | 29.04.2007 | Aris Saloniki | - | Apollon Kalamarias | 3:2 | |
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| 30. Jornada | 13.05.2007 | Apollon Kalamarias | - | AE Lárissa | 1:2 | |
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