| 2. Jornada | 26.03.2006 | FK Rostov | - | FK Moskva | 4:0 | ||||
| 6. Jornada | 23.04.2006 | FK Rostov | - | Shinnik Yaroslavl | 0:0 | ||||
| 7. Jornada | 30.04.2006 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 3:1 |  |
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| 8. Jornada | 06.05.2006 | FK Rostov | - | FK Saturn | 0:2 |  |
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| 3. Jornada | 17.05.2006 | Zenit | - | FK Rostov | 1:1 | |
 |
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| 10. Jornada | 10.07.2006 | CSKA Moscú | - | FK Rostov | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 20.08.2006 | FK Rostov | - | Rubin Kazan | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 27.08.2006 | FK Moskva | - | FK Rostov | 4:0 | ||||
| 18. Jornada | 10.09.2006 | FK Rostov | - | Zenit | 1:3 | ||||
| 19. Jornada | 16.09.2006 | Torpedo Moskva | - | FK Rostov | 0:2 | ||||
| 20. Jornada | 23.09.2006 | FK Rostov | - | Dinamo Moskva | 2:1 | |
|||
| 21. Jornada | 30.09.2006 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Rostov | 1:6 | |
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| 22. Jornada | 15.10.2006 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 23. Jornada | 21.10.2006 | FK Saturn | - | FK Rostov | 0:0 | ||||
| 24. Jornada | 25.10.2006 | FK Rostov | - | FK Amkar Perm | 1:1 | |
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| 25. Jornada | 28.10.2006 | FK Rostov | - | CSKA Moscú | 1:2 | ||||
| 26. Jornada | 04.11.2006 | Krylia Sovetov | - | FK Rostov | 1:0 | ||||
| 27. Jornada | 08.11.2006 | FK Rostov | - | Luch-Energiya Vladivostok | 1:0 | ||||
| 29. Jornada | 18.11.2006 | FK Rostov | - | Spartak Moskva | 3:4 |
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