| 1. Jornada | 15.08.2008 | Mainz | - | 1. FC Kaiserslautern | 3:3 | ||||
| 2. Jornada | 24.08.2008 | TSV 1860 München | - | Mainz | 1:2 |  |
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| 3. Jornada | 29.08.2008 | Mainz | - | VfL Osnabrück | 4:2 | ||||
| 5. Jornada | 19.09.2008 | Mainz | - | 1. FC Nürnberg | 2:0 |  |
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| 6. Jornada | 28.09.2008 | Augsburgo | - | Mainz | 0:2 | ||||
| 7. Jornada | 06.10.2008 | Mainz | - | SV Wehen Wiesbaden | 5:0 | |
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| 8. Jornada | 20.10.2008 | Alemannia Aachen | - | Mainz | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 26.10.2008 | Mainz | - | MSV Duisburg | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 02.11.2008 | Rot Weiss Ahlen | - | Mainz | 0:2 | |
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| 12. Jornada | 09.11.2008 | Mainz | - | Ingolstadt | 0:3 | ||||
| 13. Jornada | 16.11.2008 | TuS Koblenz | - | Mainz | 0:3 | ||||
| 14. Jornada | 23.11.2008 | Mainz | - | FC St. Pauli | 2:2 | |
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| 15. Jornada | 01.12.2008 | FSV Frankfurt | - | Mainz | 1:4 | ||||
| 16. Jornada | 05.12.2008 | Mainz | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:1 | ||||
| 17. Jornada | 14.12.2008 | Rot-Weiß Oberhausen | - | Mainz | 2:1 | |
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| 18. Jornada | 02.02.2009 | 1. FC Kaiserslautern | - | Mainz | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 08.02.2009 | Mainz | - | TSV 1860 München | 2:2 | |
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| 24. Jornada | 16.03.2009 | SV Wehen Wiesbaden | - | Mainz | 0:2 | ||||
| 25. Jornada | 22.03.2009 | Mainz | - | Alemannia Aachen | 1:4 |
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