| 4. Jornada | 02.08.2008 | Neuchâtel Xamax FC | - | FC Aarau | 0:0 | ||||
| 6. Jornada | 06.08.2008 | AC Bellinzona | - | FC Aarau | 1:1 | ||||
| 5. Jornada | 09.08.2008 | FC Aarau | - | FC Luzern | 1:0 | ||||
| 8. Jornada | 30.08.2008 | FC Aarau | - | Basilea | 0:2 | ||||
| 9. Jornada | 13.09.2008 | Grasshopper Club Zürich | - | FC Aarau | 0:0 | ||||
| 10. Jornada | 27.09.2008 | FC Sion | - | FC Aarau | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 04.10.2008 | FC Aarau | - | FC Vaduz | 4:0 | ||||
| 13. Jornada | 02.11.2008 | FC Aarau | - | Neuchâtel Xamax FC | 2:1 | ||||
| 14. Jornada | 08.11.2008 | FC Luzern | - | FC Aarau | 3:0 | ||||
| 15. Jornada | 15.11.2008 | FC Aarau | - | AC Bellinzona | 0:1 | ||||
| 17. Jornada | 04.12.2008 | Basilea | - | FC Aarau | 3:1 | ||||
| 21. Jornada | 21.02.2009 | BSC Young Boys | - | FC Aarau | 4:0 | ||||
| 18. Jornada | 11.03.2009 | FC Aarau | - | Grasshopper Club Zürich | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 14.03.2009 | FC Aarau | - | FC Luzern | 0:0 |
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