| 1. Jornada | 23.08.1998 | Apollon Smyrnis | - | Olympiacos | 2:5 | ||||
| 2. Jornada | 30.08.1998 | AEK Athen | - | Apollon Smyrnis | 3:1 | ||||
| 5. Jornada | 27.09.1998 | Veria FC | - | Apollon Smyrnis | 1:1 |  |
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| 6. Jornada | 04.10.1998 | Apollon Smyrnis | - | OFI Heraklion | 1:0 | ||||
| 8. Jornada | 01.11.1998 | Apollon Smyrnis | - | AO Proodeftiki | 2:2 | |
|||
| 9. Jornada | 08.11.1998 | Ethnikos Asteras | - | Apollon Smyrnis | 5:1 |  |
|||
| 11. Jornada | 29.11.1998 | Ionikos Nikea | - | Apollon Smyrnis | 3:0 | ||||
| 12. Jornada | 06.12.1998 | Apollon Smyrnis | - | Aris Saloniki | 1:3 | ||||
| 27. Jornada | 25.04.1999 | PAOK Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 3:1 | ||||
| 30. Jornada | 12.05.1999 | AO Kavala | - | Apollon Smyrnis | 0:1 | ||||
| 32. Jornada | 20.05.1999 | Ethnikos Piraeus | - | Apollon Smyrnis | 2:3 | ||||
| 33. Jornada | 23.05.1999 | Apollon Smyrnis | - | Iraklis Saloniki | 1:3 | ||||
| 34. Jornada | 30.05.1999 | Skoda Xanthi | - | Apollon Smyrnis | 1:0 |
Grecia