| 3. Jornada | 10.09.2016 | Levadiakos | - | Panathinaikos | 0:3 | ||||
| 5. Jornada | 24.09.2016 | Panetolikos | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 7. Jornada | 16.10.2016 | Panathinaikos | - | Xanthi FC | 1:2 |  |
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| 8. Jornada | 24.10.2016 | Veria FC | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 30.10.2016 | Panathinaikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 | ||||
| 12. Jornada | 27.11.2016 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 1:1 | |
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| 15. Jornada | 18.12.2016 | AE Lárissa | - | Panathinaikos | 0:0 | |
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| 1. Jornada | 05.01.2017 | Platanias Chanion | - | Panathinaikos | 1:0 | |
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| 2. Jornada | 09.01.2017 | Panathinaikos | - | AO Kerkyra | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 29.01.2017 | Panathinaikos | - | Levadiakos | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 09.04.2017 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 3:0 | ||||
| 30. Jornada | 30.04.2017 | Panathinaikos | - | AE Lárissa | 2:0 | |
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