| 2. Jornada | 30.08.1998 | AO Proodeftiki | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 11. Jornada | 29.11.1998 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 1:0 |  |
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| 12. Jornada | 05.12.1998 | Panathinaikos | - | Olympiacos | 2:4 | ||||
| 13. Jornada | 13.12.1998 | AEK Athen | - | Panathinaikos | 2:0 | ||||
| 14. Jornada | 20.12.1998 | Panathinaikos | - | Apollon Smyrnis | 5:0 | |
|||
| 15. Jornada | 16.01.1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 23.01.1999 | Veria FC | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 25. Jornada | 03.04.1999 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 0:2 | ||||
| 27. Jornada | 25.04.1999 | Iraklis Saloniki | - | Panathinaikos | 3:3 | ||||
| 32. Jornada | 19.05.1999 | Panathinaikos | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 2:0 | |
|||
| 34. Jornada | 30.05.1999 | OFI Heraklion | - | Panathinaikos | 2:3 |
Grecia