| 12. Jornada | 23.12.1999 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 13. Jornada | 29.12.1999 | Panathinaikos | - | Panachaiki GE | 7:1 | ||||
| 15. Jornada | 17.01.2000 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 30.01.2000 | Panathinaikos | - | AO Kavala | 3:0 | ||||
| 18. Jornada | 06.02.2000 | AO Trikala | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 21. Jornada | 28.02.2000 | PS Kalamata | - | Panathinaikos | 0:0 |  |
|||
| 23. Jornada | 12.03.2000 | Iraklis Saloniki | - | Panathinaikos | 1:3 | |
|||
| 32. Jornada | 14.05.2000 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 0:4 | ||||
| 34. Jornada | 28.05.2000 | AO Kavala | - | Panathinaikos | 1:4 |
Grecia