| 2. Jornada | 13.09.2008 | Panserraikos | - | Panionios GSS | 0:1 | ||||
| 4. Jornada | 28.09.2008 | Panionios GSS | - | AEK Athen | 2:2 | ||||
| 6. Jornada | 18.10.2008 | Panionios GSS | - | Aris Saloniki | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 23.11.2008 | Panionios GSS | - | Levadiakos | 1:0 | ||||
| 13. Jornada | 07.12.2008 | Panionios GSS | - | AE Lárissa | 1:1 |  |
 |
||
| 15. Jornada | 20.12.2008 | Panionios GSS | - | Asteras Tripolis | 3:0 | ||||
| 16. Jornada | 03.01.2009 | Skoda Xanthi | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 18. Jornada | 18.01.2009 | OFI Heraklion | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 19. Jornada | 25.01.2009 | AEK Athen | - | Panionios GSS | 3:0 | ||||
| 22. Jornada | 14.02.2009 | Panionios GSS | - | Ergotelis | 0:0 | ||||
| 23. Jornada | 21.02.2009 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 07.03.2009 | Iraklis Saloniki | - | Panionios GSS | 2:1 |  |
|||
| 26. Jornada | 15.03.2009 | Levadiakos | - | Panionios GSS | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 22.03.2009 | Panionios GSS | - | Olympiacos | 2:3 | |
|||
| 28. Jornada | 05.04.2009 | AE Lárissa | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 29. Jornada | 12.04.2009 | Panionios GSS | - | Thrasyvoulos Fylis | 4:1 | ||||
| 30. Jornada | 26.04.2009 | Asteras Tripolis | - | Panionios GSS | 3:4 | |
Grecia