| 1. Jornada | 29.07.2006 | HNK Šibenik | - | NK Osijek | 1:2 | ||||
| 2. Jornada | 04.08.2006 | Dinamo Zagreb | - | HNK Šibenik | 4:3 | ||||
| 3. Jornada | 12.08.2006 | HNK Šibenik | - | Slaven Belupo | 2:1 | ||||
| 4. Jornada | 19.08.2006 | HNK Šibenik | - | NK Pula 1856 | 1:0 | ||||
| 5. Jornada | 26.08.2006 | NK Međimurje | - | HNK Šibenik | 2:1 | ||||
| 6. Jornada | 09.09.2006 | HNK Šibenik | - | HNK Cibalia | 1:0 | ||||
| 7. Jornada | 16.09.2006 | Kamen Ingrad | - | HNK Šibenik | 3:1 |  |
|||
| 8. Jornada | 23.09.2006 | HNK Šibenik | - | NK Zagreb | 1:0 | ||||
| 9. Jornada | 30.09.2006 | HNK Rijeka | - | HNK Šibenik | 1:3 | |
|||
| 10. Jornada | 14.10.2006 | HNK Šibenik | - | Hajduk Split | 1:2 | ||||
| 11. Jornada | 21.10.2006 | NK Varteks | - | HNK Šibenik | 2:1 | ||||
| 12. Jornada | 28.10.2006 | NK Osijek | - | HNK Šibenik | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 04.11.2006 | HNK Šibenik | - | Dinamo Zagreb | 2:1 | ||||
| 14. Jornada | 08.11.2006 | Slaven Belupo | - | HNK Šibenik | 1:1 | |
|||
| 16. Jornada | 18.11.2006 | HNK Šibenik | - | NK Međimurje | 3:0 | ||||
| 17. Jornada | 25.11.2006 | HNK Cibalia | - | HNK Šibenik | 0:1 | |
|||
| 18. Jornada | 02.12.2006 | HNK Šibenik | - | Kamen Ingrad | 4:1 | |
Croacia