| 1. Jornada | 13.07.2009 | Millonarios | - | Atlético Junior | 3:1 |  |
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| 2. Jornada | 19.07.2009 | Atlético Junior | - | Cúcuta Deportivo | 1:0 | |
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| 3. Jornada | 26.07.2009 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 2:1 | ||||
| 4. Jornada | 02.08.2009 | Atlético Junior | - | Once Caldas | 4:2 | ||||
| 6. Jornada | 16.08.2009 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 5:2 |  |
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| 7. Jornada | 23.08.2009 | Real Cartagena | - | Atlético Junior | 2:2 | |
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| 9. Jornada | 13.09.2009 | Atlético Junior | - | Real Cartagena | 3:1 | ||||
| 11. Jornada | 27.09.2009 | Atlético Junior | - | Envigado FC | 4:1 | ||||
| 13. Jornada | 18.10.2009 | Atlético Junior | - | Deportivo Pereira | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 25.10.2009 | Atlético Junior | - | América de Cali | 3:0 | |
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| 16. Jornada | 01.11.2009 | Atlético Huila | - | Atlético Junior | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 08.11.2009 | Deportes Quindío | - | Atlético Junior | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 15.11.2009 | Atlético Junior | - | Deportes Tolima | 2:1 |
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